承接第一季结局，直枝理树和“Little Busters”成员们成功从无尽的暑假轮回中脱出，但他们发现现实世界并没有变得正常。枣铃开始频繁梦见另一个自己，而真人突然拥有预知下一秒的能力。第二季引入新角色“观测者”，一个自称是这个世界管理员的神秘少女。她告诉众人：你们所在的并不是原本的世界，而是由一名濒死孩子意识创造出来的“赎罪乐园”。为了让那名孩子安心离世，理树必须在30天内帮助每位成员解开心结——包括他自己遗忘的童年罪孽。随着倒计时推进，学校建筑开始凭空消失，朋友们接连被“删除”。理树最终面对真相：他才是那个濒死的孩子，而所有成员都是多年前因他一次任性决定而遇难的真实朋友。