在上一部事件的十年后，一支由科学家、雇佣兵和纪录片导演组成的新探险队重返骷髅岛。他们的目标是深入岛上的地下洞穴系统，寻找一种能治愈癌症的稀有晶体。然而他们发现，骷髅岛的地表是金刚的领地，而不见天日的地下深渊中，沉睡着金刚一族曾经战胜过的远古宿敌——“圣虎”。由于地表钻探的震动，圣虎被唤醒，它比金刚更加残暴，且拥有影响心智的幻术能力。金刚为了保护岛上的生态平衡，不得不与人类探险家结成暂时的同盟。一场地表之王与深渊之主的终极大战即将爆发，而人类的贪婪，可能将毁灭这座最后的怪兽伊甸园。