科尔试图回到2015年阻止“十二猴子军”释放致命病毒的计划再次落空，时间线分裂出更可怕的支流——一股被称为“见证者”的神秘力量正试图抹去所有可能性。第三季开篇，科尔与拉姆西被迫穿越至一战战壕，发现猴子军的早期实验竟与一场旨在催生末日宗教的阴谋挂钩。与此同时，卡塔琳娜博士在2043年发现，病毒并非人类灭亡的唯一威胁，一个比病毒更古老的“红森林”正在时间缝隙中生长。当科尔追踪线索至1970年代的精神病院时，他震惊地发现自己的童年梦境被真实移植了关键记忆。而在时间尽头，真正的“见证者”终于揭开了面具，他的身份彻底颠覆了科尔对宿命的所有认知。