鲁邦三世盯上了收藏在阿尔卑斯山地下监狱“新巴比伦”里的一颗传奇钻石“克洛诺斯之眼”，传说它不仅是珠宝，更是打开一座“时间监狱”的钥匙——那里关着被冻结在时间里的一百年前最伟大的魔术师兼怪盗“幻影手”约瑟夫。鲁邦故意被捕入狱，却发现监狱里等着他的不仅有老对手钱形警部（假扮囚犯），还有被国际刑警组织塞进来的“辅助”——不二子。更糟的是，监狱长竟是鲁邦祖父当年坑过的仇人后代，他要在监狱里合法地折磨鲁邦三天三夜。在次元大介和石川五右卫门外部支援下，鲁邦要一边躲避监狱长的百般刁难，一边破解“克洛诺斯之眼”的机关。当他终于打开时间监狱，发现里面关着的，竟然是年轻版的自己爷爷。