第三季中，朱莉安娜和乔在纳粹占领区与日本太平洋合众国之间挣扎求生。一条秘密通道被发现——通过“高堡奇人”的神秘影片，少数人可以进入另一个“我们赢得战争”的现实世界。纳粹指挥官史密斯晋升至权力核心，却发现自己身患绝症的儿子在那个“美好世界”里健康快乐地活着。为了儿子，史密斯开始秘密与抵抗军谈判交换情报。朱莉安娜则潜入纳粹柏林，试图找到制造“穿越机器”的科学家。与此同时，一股更可怕的势力崛起：一个来自“第三世界”的纳粹极端派别，计划将所有平行世界的资源掠夺一空，实现“唯一真实帝国”。多条时间线开始崩塌，角色们在不同的现实中身份互换，善恶的界限彻底模糊。