这是α世界线的后续。冈部伦太郎未能拯救“助手”牧濑红莉栖，心灰意冷的他放弃了“凤凰院凶真”的身份，进入大学过着普通的学生生活。世界线变动率停留在1.048596，没有时间机器，没有战争。几年后，他遇到了红莉栖在美国的同事——天才少女比定琉华子，并接触到了红莉栖生前留下的人工智能程序“阿玛迪斯”。这个拥有红莉栖记忆和人格的AI，既是慰藉，也是诅咒。与此同时，来自2036年的铃羽再次出现，带来了一个消息：在β世界线，第三次世界大战已经爆发，而拯救世界的唯一钥匙，就是让冈部再次成为“凤凰院凶真”，并“欺骗世界”。