猿流感爆发十年后，凯撒带领猿族在红木森林深处建立了自己的村落。他们用简单的语言、手势和规则生存。人类幸存者只剩极少数，困在旧金山的废墟中。马尔科姆带领一支小队进入森林寻找水电站。双方初次接触保持警惕，但凯撒同意合作修复电站。然而，凯撒的长子“蓝眼”在巡逻时被人来营地的一个年轻哨兵误杀。副将科巴趁机煽动复仇。凯撒选择克制，科巴却伪造凯撒的死并嫁祸人类，挑起战争。凯撒重伤爬回猿族村落，目睹科巴用他的名义带领猿族攻打人类。最终凯撒在塔吊上与科巴对决，说出那句：“猿族不杀猿族”。科巴坠亡，但人类与猿族的战争已无法挽回。