第五季开头，克拉克终于离开小镇进入大都会大学，与拉娜关系进入异地考验。与此同时，莱克斯·卢瑟当选州长，开始公开打压“超能力者”。本季核心反派是来自“镜像地球”的独裁超人——奥特曼，他带着自己的莱昂内尔·卢瑟穿越过来，试图将地球改造成法西斯星球。克拉克必须学会飞行才能与之抗衡，但每次尝试都会引发体内氪石的剧痛。在季终，奥特曼绑架了怀孕的拉娜，克拉克在极度愤怒中终于冲破了心理障碍，首次冲上云霄，却在打斗中引发了跨次元裂缝，导致正义联盟中的闪电侠和蝙蝠侠（年轻版）意外客串。