日本东北冷清渔港，每年五月鲱鱼季总有少女失踪，警视厅视作连环案却无进展。本地女高中生绫乃的好友真帆也在今年失踪。绫乃和从东京回来的少年侦探兼前邻居阿明自行调查，发现失踪少女都曾在“丸松水产”打工。该厂以古法腌制鲱鱼出名，但地下仓库无人能进。绫乃伪装打工进入内部，发现老板每天深夜独自进入地下室，且工人私下流传“鲱云之夜”的禁忌。两人潜入地下，发现一个布满水槽的密室，水槽里泡着失踪少女——但她们都活着，只是被催眠般静止。原来老板是个极端艺术家，试图用低温盐卤环境和集体意识催眠，创作“活着的鲱鱼少女”装置艺术。绫乃与阿明报警并破坏循环系统，救出所有少女，老板则以艺术之名申辩。