距离上一部大战已经过去了十年。南宫问日和铁心已经成婚，并育有一女南宫萌。原本和平的玉龙国上空突然裂开一道缝隙，无数名为“清洗者”的机械怪物从天而降。它们的目的是清除所有“神兽”。在战斗中，问日惊讶地发现，“清洗者”的操控者竟然是他从未来穿越回来的女儿南宫萌！原来在未来的时空线中，人类与神兽因为资源短缺爆发了战争，导致世界毁灭。未来的南宫萌受够了战争的痛苦，决定回到过去抹除“神兵”存在的历史，哪怕这会导致她自己消失。现在的问日必须一边阻止女儿，一边证明人类与神兽可以共存。