承接第一季结尾，神州大陆虽然暂时修复，但五行之核破碎，大地仍在缓慢衰败。画师小华和他的神兽伙伴们，得知最后一块五行碎片被丝绸之路上的神秘商队带走。他们从盛唐时期的长安出发，穿越沙漠、雪山、绿洲，一路上遭遇来自西域的妖魔、波斯的魔法师，以及一个想要利用五行碎片重塑世界的神秘组织。小华发现，每到一个文明古国，那里的神话生物就会主动接近他，而他的画笔画出的东西，不再是单纯的神兽，而是不同文明之间的“共鸣”。在敦煌莫高窟的壁画中，他看到了一个预言：真正的锦绣神州，不是回到过去，而是创造未来。