47号（蒂莫西·奥利芬特饰）是神秘组织利用5个犯罪头目的DNA改造出的杀手，后脑勺有条形码。他在执行刺杀俄罗斯政客的任务时，遇到神秘女孩尼卡（欧嘉·柯瑞兰寇饰），对方声称自己是47号的“基因备份”——如果47号死亡，她会被激活。组织高层其实是47号的“基因父亲”之一，他想同时回收两人的DNA以创造更完美的“48号”。47号带着尼卡从东欧一路杀回美国总部，途中他发现自己杀人时没有感情，但保护尼卡时会出现“计算之外的动作”。最后在直升机的追杀下，47号将尼卡塞进装甲车，自己用引爆煤气罐的方式制造混乱。结尾尼卡看着新闻报道“杀手已死”，但下一秒47号的声音从背后响起：“那只是一个没有条形码的替身。”然后光头一闪，消失在人海。